Τα όργανα διοίκησης της εταιρείας, όπως ορίζεται στο καταστατικό, είναι η Γενική Συνέλευση των Εταίρων (ΓΣ) και το Διοικητικό Συμβούλιο (ΔΣ) . Η ΓΣ είναι το ανώτατο όργανό της εταιρείας, δικαιούται να αποφασίσει για κάθε υπόθεση που την αφορά, αποτελείται από τα ταμειακά εντάξει τακτικά μέλη της (παρόντα ή νόμιμα εκπροσωπούμενα) και οι αποφάσεις της δεσμεύουν όλα τα μέλη. Το ΔΣ αποτελείται από επτά μέλη, τον Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο, τον Γραμματέα, τον Ταμία και τρεις Συμβούλους που εκλέγονται από τη ΓΣ για τριετή θητεία.

Αυτή τη στιγμή η ΕΕΜ ΔΕΠΥ διοικείται από το 5ο Διοικητικό Συμβούλιο (2020-) που απαρτίζεται από τους:

Ως αναπληρωματικά Μέλη – Σύμβουλοι έχουν αναδειχθεί κατά σειρά οι Παπαχρήστου Βασιλική, Τρανού Αικατερίνη, Τσεκούρα Ευφροσύνη και Φαρμακοπούλου Ιγνατία. 

ΕΙΔΙΚΟΣ ΣΥΜΒΟΥΛΟΣ ΝΕΥΡΟΑΝΑΠΤΥΞΙΑΚΩΝ ΔΙΑΤΑΡΑΧΩΝ ΕΝΗΛΙΚΩΝ (ΓΝΩΜΟΔΟΤΕΙ ΣΤΟ ΔΣ ΤΗΣ ΕΤΑΙΡΕΙΑΣ)
Πεχλιβανίδης Αρτέμιος του ΗρακλήΑναπληρωτής Καθηγητής Ψυχιατρικής ΕΚΠΑ, Πρόεδρος Κλάδου Ψυχοθεραπειών και Κλάδου Νευροαναπτυξιακών Διαταραχών στην Ελληνική Ψυχιατρική Εταιρεία, Ιδρυτής – Διευθυντής Ειδικού Ιατρείου ΔΕΠΥ και Διευθυντής Κλινικής Νευροαναπτυξιακών Διαταραχών Ενηλίκων Αιγινητείου Νοσοκομείου 

Επιπλέον έχουν δημιουργηθεί, με απόφαση της ΓΣ, τρεις ομάδες εργασίας που εισηγούνται στο ΔΣ και συντονίζονται από αυτό (Έρευνας, Παιδείας και Ενημέρωσης- Ευαισθητοποίησης). Οι ομάδες αυτές έχουν στόχο την εκπόνηση και εφαρμογή προγραμμάτων, δράσεων και άλλων επιστημονικών πρωτοβουλιών και σε αυτές μπορούν να συμμετέχουν κατά την επιθυμία τους ή τα ιδιαίτερα ενδιαφέροντά τους ισότιμα όλα τα μέλη της εταιρείας. 

ΣΥΝΘΕΣΗ ΠΡΟΗΓΟΥΜΕΝΩΝ ΔΙΟΙΚΗΤΙΚΩΝ ΣΥΜΒΟΥΛΙΩΝ ΤΗΣ ΕΕΜ ΔΕΠΥ


1ο ΔΣ (2008-2011): Κόρπα Τερψιχόρη (Πρόεδρος), Γιαννοπούλου Ιωάννα (Αντιπρόεδρος), Κολαΐτης Γεράσιμος (Γραμματέας), Γεωργουτσάκου Σοφία (Ταμίας), Περβανίδου Παναγιώτα (Μέλος), Πέτσας Αναστάσιος (Μέλος), Κουμπούρα Θωμαή (Μέλος). Ως αναπληρωματικά Μέλη – Σύμβουλοι είχαν αναδειχθεί κατά σειρά οι Μπιτζαράκη Αικατερίνη και Στουρνάρας Αριστείδης.Βιογραφικά Υποψηφίων για ΔΣ 2008 

2ο ΔΣ (2011-2014): Κόρπα Τερψιχόρη (Πρόεδρος), Σκαλούμπακας Χρήστος (Αντιπρόεδρος), Κολαΐτης Γεράσιμος (Γραμματέας), Χατζηπαντελής Ιωάννης (Ταμίας), Περβανίδου Παναγιώτα (Μέλος), Κανάρη Κυριακή (Μέλος), Νταφούλης Βάιος (Μέλος). Ως αναπληρωματικά Μέλη – Σύμβουλοι είχαν αναδειχτεί κατά σειρά οι Αγγελάκης Ευθύμιος και Τρανού Αικατερίνη.Βιογραφικά Υποψηφίων για ΔΣ 2011 

3ο ΔΣ (2014-2017): Κόρπα Τερψιχόρη (Πρόεδρος), Περβανίδου Παναγιώτα (Αντιπρόεδρος), Σκαλούμπακας Χρήστος (Γραμματέας), Χατζηπαντελής Ιωάννης (Ταμίας),  Αγγελάκης Ευθύμιος (Μέλος), Τρανού Αικατερίνη (Μέλος), Κανάρη Κυριακή (Μέλος). Ως αναπληρωματικά Μέλη – Σύμβουλοι είχαν αναδειχτεί κατά σειρά οι Παπαχρήστου Βασιλική και Σιαπάτη Σταυρούλα.Βιογραφικά Υποψηφίων για ΔΣ 2014

4ο ΔΣ (2017-2020): Κόρπα Τερψιχόρη (Πρόεδρος), Περβανίδου Παναγιώτα (Αντιπρόεδρος), Αγγελάκης Ευθύμιος (Γραμματέας), Κανάρη Κυριακή (Ταμίας),  Σκαλούμπακας Χρήστος (Μέλος), Τρανού Αικατερίνη (Μέλος), Τσαλαμανιός Εμμανουήλ (Μέλος). Ως αναπληρωματικά Μέλη – Σύμβουλοι είχαν αναδειχθεί κατά σειρά οι Παπαχρήστου Βασιλική και Φαρμακοπούλου Ιγνατία.